Родоначальником порта была Красноярская пристань, которая ведет свою историю с конца XIX века. 14 мая 1882 г. в Красноярск из Енисейска впервые прибыл пароход «Москва». В июне того же года городская управа по ходатайству купца и судовладельца Николая Герасимовича Гадалова отвела место для пристани – примерно там, где ныне находится Красноярский речной вокзал. Пристань получила название Гадаловская. Со временем вдоль левого берега возникли другие пристани, принадлежащие разным судовладельцам. К 1909 году относится появление красноярских пристаней на правом берегу Енисея.

В 1918 году все пристани были национализированы и образована единая пристань города Красноярска.

1 апреля 1934 года, в результате объединения пристаней Красноярска №№ 1, 2, 3, 4 и баз «Енисей», «Конный остров», «Злобино», «Шпалопропитка», «Лесоэкспортная площадка», был создан Красноярский речной порт, в соответствии с приказом Енисейского управления государственного речного транспорта от 4 апреля 1934 года № 38 «О регистрации Красноярской пристани в Красноярский речной порт 1-го разряда». Из девяти пристаней было образовано семь причалов, которые вошли в состав порта. Первым начальником Красноярского речного порта стал потомственный речник Иосиф Алексеевич Козулин.

За время своей истории Красноярский порт внес огромный вклад в развитие экономики страны и края. Практически все грузы, необходимые для жизнедеятельности и промышленного освоения северных районов огромного Красноярского региона, включая Таймыр и Эвенкию, переваливались через Красноярский речной порт.

Через него шли грузы для строительства Норильского горно-металлургического комбината и города Норильска, Красноярской, Хантайской, Курейской, Усть-Илимской гидроэлектростанций. Ни один северный завоз на притоки Енисея не обходился без участия Красноярского порта.

Помимо переработки грузов, порт занимался перевозкой пассажиров на пригородных и транзитных линиях.

В 1966 году за успехи в выполнении заданий по переработке грузов и внедрение комплексной механизации порт был удостоен ордена Трудового Красного Знамени.

В первой половине 90-х годов, когда начался процесс приватизации, Постановлением Красноярского краевого комитета по управлению государственным имуществом от 24 августа 1993 года № 323 государственное предприятие «Красноярский речной порт» было преобразовано в дочернее акционерное общество открытого типа, сегодня Акционерное Общество «Красноярский речной порт».

В разные годы Красноярским речным портом руководили:

Козулин Иосиф Алексеевич 1933 – 1935 гг.
Хонджко Андрей Павлович 1936 – 1937 гг.
Крушинов Иван Дмитриевич 1937 – 1939 гг.
Чечкин Михаил Алексеевич 1943 – 1945 гг.
Шалашов Василий Петрович 1945 – 1947 гг.
Черноусов Василий Дмитриеви 1947 – 1950 гг.
Кудряшов Владимир Андреевич 1951 – 1953 гг. , 1955 – 1960 гг.
Золкин Степан Михайлович 1953 – 1955 гг.
Климкин Михаил Васильевич 1960 – 1962 гг.
Страхов Владимир Михайлович 1962 – 1969 гг.
Мунин Михаил Гаврилович 1969 – 1975 гг.
Ли Владимир Николаевич 1975 – 1988 гг.
Юрков Юрий Михайлович 1988 – 2010 гг.
Сураев Андрей Николаевич 2010 – 2013 гг.
Вахрушев Андрей Алексеевич 2013 – 2018 гг.
Долгунцев Игорь Николаевич 2018 – 2019 гг.
Немчин Анатолий Анатольевич 2019 – 2019 гг.

*именами некоторых из них в последствии были названы суда Енисейского пароходства.

 Функции единоличного исполнительного органа АО “КРП” переданы Управляющей организации – ООО “Норникель – ЕРП”